Les instances fédératives de la Fédération autonome de l’enseignement (FAE) sont les organes décisionnels qui assurent sa gouvernance démocratique. Elles sont composées du Congrès, qui constitue la plus haute instance décisionnelle de la Fédération, du Conseil fédératif (CF) et du Conseil fédératif de négociation (CFN).
Y siègent les membres du Conseil exécutif de la FAE ainsi que des délégués désignés par chacun des syndicats affiliés. Chaque instance exerce ses fonctions conformément aux Statuts de la Fédération, desquels elle tire ses pouvoirs et ses responsabilités.