Entre ses congrès, la Fédération est gouvernée par le Conseil fédératif (CF). Cette instance précise les orientations de la Fédération, veille à l’application des décisions du Congrès et peut traiter de toute question non prévue aux statuts.
Le Conseil fédératif est composé des membres du Comité exécutif et des délégations des affiliés, représentées en proportion du nombre de membres de chacun. Il se réunit environ une fois par mois pour assurer le suivi des décisions du Congrès, déterminer les orientations politiques, adopter les plans d’action et le budget de la Fédération. Les votes sont pondérés selon le nombre de membres de chaque syndicat.