Le calendrier des réunions du Conseil fédératif (CF) est adopté par le CF. Les réunions se tiennent sur le territoire de la FAE, principalement à Laval, mais aussi à Gatineau, Montréal, Granby et Québec.
Un nombre de mandats est attribué à chaque année aux syndicats affiliés selon le nombre d’enseignants qu’ils représentent avec pour objectif d’être représentatif. La délégation du SEO est composée de membres du Conseil d’administration, de membres enseignants et, au besoin, d’observateurs.
La Fédération autonome de l’enseignement (FAE) est gouvernée entre ses congrès par le Conseil fédératif. Le Conseil fédératif précise les orientation de la Fédérations, prend toute mesure nécessaire à la réalisation des décisions du Congrès et peut traiter de toute question non prévue aux statuts.