Le Congrès est l’instance suprême et souveraine de la Fédération autonome de l’enseignement (FAE). Il est composé des membres du Comité exécutif et des délégations des affiliés, représentées en proportion du nombre de membres de chacun. Réuni tous les trois ans, le Congrès adopte les orientations politiques et celles du plan d’action triennal, procède à l’élection des membres du Comité exécutif de la FAE et détermine les politiques générales, les objectifs majeurs, les grandes lignes d’action et les priorités de la Fédération. Il peut également, de façon exceptionnelle, établir des politiques particulières, des objectifs spécifiques ou des programmes d’action plus immédiats.